Zamestnávateľ má aj povinnosti, ktoré mu vyplývajú z legislatívy týkajúcej sa dane z príjmov. Mzda je pre zamestnanca zdaniteľným príjmom, avšak povinnosti zamestnávateľa priznaním a zdanením mzdy len začínajú a zďaleka na účely dane z príjmov nekončia.
Základná legislatíva upravujúca povinnosti podnikateľa, ktorý je zamestnávateľom, v daňovej oblasti, je zákon č. 595/2003 Z. z. o dani z príjmov v znení neskorších predpisov.
Podnikateľ (daňovník) registrovaný pre daň z príjmov fyzickej osoby alebo právnickej osoby, ktorý zamestná svojho prvého zamestnanca musí oznámiť miestne príslušnému správcovi dane (daňovému úradu) túto skutočnosť, a síce že sa stáva platiteľom dane zo závislej činnosti. Pre splnenie oznamovacej povinnosti zamestnávateľ použije tlačivo Žiadosť o registráciu právnickej osoby, ak je zamestnávateľ právnickou osobu alebo Žiadosť o registráciu fyzickej osoby, ak je zamestnávateľ fyzickou osobou. Lehota na splnenie oznamovacej povinnosti voči správcovi dane (daňovému úradu) je do konca nasledujúceho kalendárneho mesiaca.
Ak si je podnikateľ (daňovník) vedomý toho, že zamestnávateľom bude od začiatku podnikania, a nasvedčujú tomu aj iné skutočnosti podľa ďalších právnych predpisov, registračnú povinnosť ako platiteľa dane si splní súčasne s registráciou k dani z príjmov právnickej osoby alebo k dani z príjmov fyzickej osoby, v závislosti od charakteru právnej formy zamestnávateľa.
Na základe písomného vyhlásenia zamestnanca je zamestnávateľ pri výpočte preddavku na daň z príjmov zo závislej činnosti povinný zohľadňovať alikvotnú (mesačnú) časť nezdaniteľnej časti základu dane a sumu daňového bonusu. Zamestnávateľ je zodpovedný za vyplatenie daňového bonusu.
Zamestnávateľ je povinný zrážať preddavok na daň zo zdaniteľnej mzdy zamestnanca a odvádzať ho na účet správcu dane (daňového úradu) najneskôr do piatich dní po dni výplaty, poukázania alebo pripísania zdaniteľnej mzdy zamestnancovi k dobru. Správca dane (daňový úrad) môže na žiadosť zamestnávateľa určiť inú lehotu platenia preddavkov.
Zamestnávateľ je povinný predkladať miestne príslušnému správcovi dane (daňovému úradu) prehľad o zrazených a odvedených preddavkoch na daň z príjmov zo závislej činnosti, ktoré zamestnancom vyplatil, o zamestnaneckej prémii a o daňovom bonuse za uplynulý kalendárny mesiac do konca nasledujúceho kalendárneho mesiaca. Napríklad za september 2013 do 31. októbra 2013.
Na žiadosť zamestnanca je zamestnávateľ povinný vykonať ročné zúčtovanie najneskôr do 31. marca roka nasledujúceho po uplynutí zdaňovacieho obdobia. Zamestnanec je povinný v zákonnej lehote (najneskôr do 15. februára) predložiť zamestnávateľovi potrebné doklady.
Zamestnávateľ je povinný viesť evidenciu mzdovej agendy, a síce mzdové listy a výplatné listiny pre zamestnancov vrátane ich rekapitulácie za každý kalendárny mesiac aj za celé zdaňovacie obdobie. Povinnosťou zamestnávateľa je vystavovať pre zamestnancov doklady a potvrdenia v zákonom stanovených lehotách, ak to prikazuje zákon o dani z príjmov alebo ho o to zamestnanec požiada.
Pre zamestnancov, ktorí poberajú len nepeňažné príjmy úzko vymedzené zákonom o dani z príjmov (§ 5 zákona o dani z príjmov, napríklad používanie vozidla zamestnávateľa na služobne a súkromné účely zakladá tento konkrétny druh nepeňažného príjmu) nemusí zamestnávateľ viesť mzdové listy. Je postačujúce, ak vedie evidenciu (zoznam) obsahujúcu meno a priezvisko zamestnanca, a to aj predchádzajúce, jeho rodné číslo, adresu trvalého pobytu, údaj o trvaní pracovnej činnosti a úhrn nepeňažných príjmov podľa uvedeného ustanovenia zákona o dani z príjmov.
Do konca apríla po uplynutí zdaňovacieho obdobia je zamestnávateľ povinný predložiť miestne príslušnému správcovi dane (daňovému úradu) hlásenie o vyúčtovaní dane a o úhrne príjmov zo závislej činnosti poskytnutých jednotlivým zamestnancom bez ohľadu na to, či ide o peňažné plnenie alebo nepeňažné plnenie za uplynulé zdaňovacie obdobie, o zrazených preddavkoch na daň, o zamestnaneckej prémii a o daňovom bonuse.
